Bag om navnet

København opstod som en havn langt tilbage i den tidlige middelalder, og på et tidspunkt blev den kongens ejendom. Christian 4. flyttede Orlogsværftet fra Bremerholm (København) til det nuværende Holmen, hvor også Flådens Leje blev placeret. Senere konger lod Holmen yderligere bebygge, bl.a. Frederik 5. med mastekranen.

I 1742 blev havnen gjort til en selvejende institution og bestod uændret til 1812, hvor der blev oprettet en central administration af "Havne- og Mudringsvæsenet". Først i 2000 blev det nuværende Københavns Havn A/S oprettet efter en retssag mellem staten og den selvejende institution. Gennem tiderne har følgende enheder bestyret havnen :

fra 2000 Københavns Havn A/S
1993-2000 Københavns Havn
1913-1993 Københavns Havnevæsen
1692-1913 Københavns Havn

Københavns havneadministration oprettedes ved kgl. reskript 21.05.1692 med den opgave at overvåge rensningen af byens kanaler og reparationen af bolværkerne. Havneadministrationen udgjordes af en havnekommission, som fra begyndelsen bestod af Ole Rømer, politimester Rasch og nogle rådmænd. Ved kgl. reskript 30.03.1742 omlagdes havneadministrationen ved en ny instruks for havnekommissionen og dens sammensætning. I 1812 afløstes havnekommissionen af Administrationen for Københavns havne- og opmudringsvæsen, der bestod af byens politimester og en af magistratspersonerne, to søofficerer, en bygmester og en eller to af byens eligerede borgere. 1815/16 udskiltes administrationen af opmudringsvæsenet på ny herfra, og administrationen ændrede betegnelse til: Administrationen for Københavns havnevæsen. Ved lov 30.12.1858 overførtes administrationen af Københavns havnevæsen, som på det tidspunkt henhørte under Københavns kommune, til henholdsvis et havneråd og en havneforvaltning. Havnerådet kom til at bestå af Københavns overpræsident som formand og sammensattes i øvrigt af medlemmer udpeget af henholdsvis Indenrigsministeriet og Københavns borgerrepræsentation. Havneforvaltningen bestod af en havnekaptajn udpeget af Indenrigsministeriet efter indstilling af havnerådet. Ministeriet for Offentlige Arbejder nedsatte i 1909 en kommission for at undersøge havnens forhold og komme med forslag til en ny styrelsesstruktur.

Resultatet blev lov 109 af 29.04.1913 om bestyrelsen af Københavns Havnevæsen, som administrationen nu blev benævnt. Der blev tillagt Havnebestyrelsen, som afløste det tidligere Havneråd, en selvstændig afgørelseskompetance. Havnens daglige drift blev varetaget af en havnedirektør. I 2000 blev havnen omdannet til et statsligt aktieselskab.